Продукт Reference Manager предназначен для самостоятельной конфигурации Output Style (стиль вставки сносок). Процесс конфигурации заключается в выборе служебных полей и разделителей между ними. Для работы прилагается широкий спектр стилей: стили цитирования для каждого вида источника, в соответствии с требованиями различных журналов (включая научные), статей, книг и других изданий. Для каждой базы можно задавать порядок сортировки по буквам, что полезно при работе с информацией на разных языках и локализации. Настройки по умолчанию берутся из системы.
Отличием программы является наличие панели меню в стиле Microsoft Word, которая добавляется при установке. С ее помощью можно вставлять в текст ссылки, не выходя из редактора. Reference Manager может осуществлять поиск в Интернете. Благодаря инструменту Term Manager можно искать по ключевым словам (они вводятся при описании нового источника), периодическим изданиям, в которых опубликована статья, и имени автора. При этом можно быстро просмотреть все записи в базе, содержащие ключевое слово, название издания или имя автора.